Entre el Golfo y el Imperial River
Bonita Springs se encuentra en Lee County, junto al Golfo; su límite sur coincide con la línea entre Lee County y Collier County, y su límite oeste está a 500 pies mar adentro de la línea media de pleamar. La ciudad incluye las islas barrera Little Hickory Island, donde está Bonita Beach, Big Hickory Island y Black Island, y su centro se extiende a lo largo del Imperial River. La comunidad surgió en la década de 1870, cuando agrimensores del Cuerpo de Ingenieros del Ejército (Army Corps of Engineers) acamparon en el curso alto del Imperial River; al principio se llamó Survey, y el río, Surveyor's Creek, hasta que los urbanizadores les dieron los nombres de Bonita Springs e Imperial River. Tras una breve incorporación como municipio durante el auge inmobiliario de la década de 1920, los residentes volvieron a votar en 1999, y la Ciudad de Bonita Springs se creó con efecto el 31 de diciembre de 1999.